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https://www.innovacioneducativa.unam.mx:8443/jspui/handle/123456789/7795Registro completo de metadatos
| Campo DC | Valor | Lengua/Idioma |
|---|---|---|
| dc.coverage.spatial | México | - |
| dc.coverage.temporal | 2021-2023 | - |
| dc.date.accessioned | 2023-12-05T16:48:02Z | - |
| dc.date.available | 2023-12-05T16:48:02Z | - |
| dc.date.issued | 2021 | - |
| dc.identifier.uri | https://www.innovacioneducativa.unam.mx:8443/jspui/handle/123456789/7795 | - |
| dc.description.abstract | Se diseñará una plataforma digital de divulgación multidisciplinaria dirigida a las y los alumnos de Bachillerato de la Universidad Nacional Autónoma de México y de la Licenciatura en Biología de la Facultad de Ciencias. Dicha plataforma alojará distintos programas bioinformáticos, bases de datos de información biológica y social, investigaciones especializadas, conferencias impartidas por especialistas, material impreso en 3D, y material de divulgación para el apoyo en el aprendizaje del estudio de los virus desde una perspectiva biológica-evolutiva, médica y social. Se realizarán ciclos de conferencias con investigadores de distintas áreas que involucren a la virología, medicina, epidemiología y derechos humanos, mismas que estarán depositadas para su consulta en la plataforma. La plataforma estará acompañada de un instructivo digital con el cual las y los alumnos podrán adquirir conocimientos sólidos y previamente revisados, atendiendo a los contenidos procedimentales y actitudinales del proyecto. Este instructivo estará disponible para la comunidad de la Universidad Nacional Autónoma de México en la Red Universitaria de Aprendizaje, y los repositorios designados por este Programa de Apoyo. Asimismo, debido a la capacidad de acceder de manera remota a la plataforma, el alcance se podría extender a bachilleratos externos, así como a licenciaturas en Biología y Ciencias Sociales de otras universidades públicas del país y de América Latina. Las y los alumnos que se involucren en el proyecto tendrán una perspectiva multifactorial de la complejidad que involucra una pandemia. | - |
| dc.description.sponsorship | Dirección General de Asuntos del Personal Académico (DGAPA) | - |
| dc.language | es | - |
| dc.rights | Todos los derechos son propiedad de la Universidad Nacional Autónoma de México (UNAM) | - |
| dc.title | PLATAFORMA UNIVERSITARIA MULTIDISCIPLINARIA PARA EL APRENDIZAJE SOBRE LOS VIRUS: PUMAVIR | - |
| dc.type | Proyecto PAPIME | - |
| dcterms.bibliographicCitation | LAZCANO ARAUJO, ANTONIO EUSEBIO; HERNANDEZ MORALES, RICARDO.(2021). PLATAFORMA UNIVERSITARIA MULTIDISCIPLINARIA PARA EL APRENDIZAJE SOBRE LOS VIRUS: PUMAVIR. (Proyecto PAPIME). Dirección General de Asuntos del Personal Académico (DGAPA). UNAM. México. | - |
| dcterms.educationLevel | nivel superior | - |
| dcterms.provenance | Facultad de Ciencias | - |
| dc.identifier.papime | PE204921 | - |
| dc.subject.keywords | complejidad | - |
| dc.subject.keywords | desigualdad | - |
| dc.subject.keywords | educación | - |
| dc.subject.keywords | evolución | - |
| dc.subject.keywords | pandemia | - |
| dc.subject.keywords | sociedad | - |
| dc.subject.keywords | virus | - |
| dc.contributor.responsible | LAZCANO ARAUJO,ANTONIO EUSEBIO | - |
| dc.contributor.coresponsible | HERNANDEZ MORALES,RICARDO | - |
| dc.description.objective | Objetivo general: Implementar una plataforma digital para depositar diversos materiales (programas, infografías, conferencias, galería virtual y física de estructuras de virus, secuencias genéticas de virus, simuladores de epidemias, investigaciones originales por parte de las y los alumnos y profesores sobre el SARS-CoV-2, y otras enfermedades virales desde una perspectiva biológica y social, abordando el problema de la pandemia de una manera multidisciplinaria, permitiendo que las y los alumnos de bachillerato y de licenciatura del área biológicas y de la salud tengan acceso a información actualizada acerca de la naturaleza biológica de los virus y el impacto social que fenómenos naturales tienen en una sociedad contemporánea. Se creará una vinculación académica entre la Escuela Nacional Preparatoria y la Facultad de Ciencias. Objetivos específicos: "1.-Construir una galería de estructuras terciarias virtual y física con la impresión de modelos 3D para acercar a los estudiantes al conocimiento de la organización y estructura tridimensional de los diferentes componentes virales como proteínas. Este material que es poco divulgado. 2.-Realizar un ciclo de conferencias con expertos en temas de biología, virología, epidemiología, derechos humanos, economía y sociología. 3.-Convocar a un encuentro académico denominado “Análisis de los efectos económicos y sociales del COVID-19 a la luz de los Derechos humanos”. Se pretende involucrar a la comunidad del bachillerato en la investigación y análisis de la problemática social. En dicho encuentro académico se realizarán conferencias magistrales de expertos, así como ponencias de profesoras y profesores, alumnas y alumnos. Profesores y alumnos realizarán exposiciones de investigaciones e infografías acerca de algún tema biológico o social relacionado con las pandemias o los virus. Dentro de este encuentro académico habrá un concurso en el que se reconocerá a las mejores exposiciones e infografías." | - |
| dc.description.strategies | Con el presupuesto asignado, se comprará un servidor NAS con el suficiente poder de procesamiento y almacenaje para alojar y ejecutar los principales programas y algoritmos, además de las bases de datos revisadas por los responsables del proyecto, listas para utilizarse. En el servidor se descargarán las siguientes bases de datos de estructuras primarias y terciarias de proteínas, las cuales están disponibles en la red: Genbank, KEGG, Pfam, PDB. También se instalarán los siguientes programas para el estudio comparativo de las secuencias y estructuras terciarias, y se tendrán disponibles en descarga para la visualización y el análisis de las relaciones filogenéticas: BLAST (blastp, blastn, psiblast, deltablast), MUSCLE, PyMOL, Chimera, Dali, y programas para modelar estructuras en 3D como Autodesk-MAYA (molecular plug-in). Para la impresión de modelos en 3D los requisitos para solicitar una impresión serán: Ser miembro de la comunidad universitaria. Enviar su solicitud a través de la plataforma La plataforma recibe su solicitud que contendrán los siguientes puntos: Estructura PDB (código PDB) Justificación académica de la estructura a imprimir. Datos de identificación y contacto de los solicitantes Firma de carta compromiso con fines de justificación de gastos de materiales El responsable y corresponsable evalúan y dictaminan la viabilidad de la solicitud. Se les informa la decisión a los solicitantes que en caso de ser positiva Se les invita a los participantes a asistir al laboratorio de Origen de la Vida a modelar su molécula e imprimirla (si las condiciones sanitarias lo permiten). En caso de no poder asistir, se designa a algún miembro capacitado del laboratorio de Origen de la Vida en modelar e imprimir la molécula. Los archivos modelados estarán disponibles para su reimpresión en un catálogo descargable para todo público (.sdf). Se hace entrega de la molécula. Se hace seguimiento de la impresión. El contenido temático de la plataforma: Introducción a las bases de datos de secuencias moleculares Revisión general del contenido de la base de datos de secuencias e información molecular (NCBI) Revisión general del contenido de la base de datos de secuencias y procesos metabólicos (KEGG) Revisión general del contenido de la base de datos de dominios y estructuras terciarias de proteínas (Pfam y PDB) Obtención de secuencias y estructuras de proteínas de las bases de datos especializadas Obtención de secuencias en formato FASTA de las bases de datos KEGG y NCBI. Revisión de la información molecular de cada secuencia obtenida Obtención de archivos que contienen las coordenadas de los átomos de las estructuras terciarias de proteínas de la base de datos PDB Herramientas bioinformáticas para la búsqueda de homólogos Introducción a las herramientas Blast y Fasta Herramientas bioinformáticas para el alineamiento múltiple de secuencias Alineaciones múltiples utilizando el programa MUSCLE Herramientas bioinformáticas para la visualización y la edición de estructuras terciarias Manipulación de los archivos que contienen las coordenadas de las estructuras terciarias mediante la herramienta Pymol/Chimera Herramientas bioinformáticas para la comparación de estructuras terciarias Comparación pareada de estructuras terciarias con el programa Dali Comparación de estructuras terciarias con el programa Chimera Herramientas bioinformáticas para el establecimiento de relaciones evolutivas a partir de filogenias con estructura terciaria Construcción de árboles filogenéticos basados en distancia Herramientas bioinformáticas para la construcción de redes Obtención de secuencias de nucleótidos (KEGG|NCBI) Comparación de secuencias de nucleótidos Cristalización de rayos X Obtención de estructuras terciarias (PDB) Generalidades de los virus Evolución de virus Modelaje de estructuras 3D Impresión de estructuras 3D Simuladores de epidemias ¿Cómo surgen las epidemias? ¿Cómo se comportan las epidemias? ¿Qué factores influyen en las epidemias? Derechos humanos durante las pandemias. Grupos vulnerables Violación a derechos humanos Movimientos sociales durante pandemias Violencia de género Organismos internacionales de Salud Otras enfermedades virales actuales y su impacto en la sociedad moderna VIH Papiloma Humano InfluenzaHepatitis C | - |
| dc.description.goals | Primer año: Implementación de los servidores que alojarán los materiales del proyecto. Diseño y creación del instructivo y materiales originales para la RUA. Modelaje de estructuras 3D para imprimir. Impresión de estructuras virales 3D Publicación y difusión del instructivo de la plataforma digital en la Red Universitaria de Aprendizaje. Convocatoria al encuentro, ciclo de conferencias. Publicación del artículo del proyecto y del encuentro académico. Posible difusión virtual presencial en planteles de la ENP y Facultad de Ciencias (dependiendo de condiciones sanitarias) Segundo año: "Actualización de materiales y programación de un segundo ciclo de actividades. Creación de materiales originales por alumnos y profesores para la plataforma. Ciclo de conferencias con expertos en temas de virología, epidemiología, derechos humanos, derecho y sociología." | - |
| dc.description.goalsAchieved | Durante el tiempo que ha durado el proyecto DGAPA-PAPIME (PE204921) se ha cumplido con las metas propuestas. Por ejemplo, ya se tiene implementado el servidor que alberga todo el material que se ha desarrollado en este proyecto. También, ya se cuenta con el instructivo y los materiales de impresión de las estructuras tridimensionales de las proteínas virales que forman parte de los procesos de enseñanza y aprendizaje para la Red Universitaria de Aprendizaje (RUA). El instructivo anteriormente mencionado contiene la información para hacer uso de los repositorios de las estructuras terciarias de las proteínas virales, así como la información de los diversos programas que se utilizan para visualizar y analizar las estructuras proteínicas desde un enfoque evolutivo. La implementación del manual ha sido fundamental para llevar a cabo el Taller de Impresión de las Estructuras Tridimensionales de las Proteínas Virales, el cual permitió que el público interesado, tanto alumnos como profesores, pudiera hacer uso de la impresora 3D para generar materiales relacionados con diversas biomoléculas, por ejemplo, los ácidos nucleicos y las proteínas virales. Dicho taller formó parte del 2o. Encuentro Universitario sobre Virus - Plataforma Universitaria para el Aprendizaje de los Virus (PUMAVIR). El encuentro permitió que tanto estudiantes como los profesores presenciaran una serie de conferencias impartidas por especialistas en diferentes áreas relacionadas con la virología. Además, se fomentó la elaboración de infografías, carteles, trabajos de investigación y de divulgación, y creaciones artísticas, elaborados por los alumnos del bachillerato en diversos tópicos relacionados con estos agentes virales. Gracias al trabajo en conjunto del profesorado de la Escuela Nacional Preparatoria, plantel 8, y del Laboratorio de Origen de la Vida, se han podido realizar dos encuentros académicos que se han centrado en la enseñanza y aprendizaje que beneficie al estudiantado en temas relacionados con los virus vistos desde un enfoque evolutivo. El segundo encuentro se llevó a cabo del 7 al 9 de diciembre del 2022, y fue una consecuencia directa del éxito y beneficios que se tuvieron del 1er Encuentro PUMAVIR que se realizó del 8 al 11 de noviembre del 2021. En ambos encuentros, los integrantes que forman parte del proyecto que incluyen al Dr. Antonio Lazcano, el Dr. Ricardo Hernández, el Dr. Arturo Becerra, el Dr. Rodrigo Jácome, el Dr. José Campillo, el M. en C. Wolfgang Cottom, y a la estudiante Hilda Palacios, tuvieron una participación muy activa en la planeación y desarrollo de actividades. Los trabajos de investigación que fueron apoyados por el proyecto PAPIME en el primer año dieron como resultado dos publicaciones en revistas indizadas, mientras que en el segundo año se publicaron cuatro trabajos de investigación y dos capítulos de libro. | - |
| dc.description.area | 2. Área de las Ciencias Biológicas, Químicas y de la Salud | - |
| dc.description.selfAssessment | Las actividades realizadas por el personal del Laboratorio de Origen de la Vida, y aquel que forma parte de la Escuela Nacional Preparatoria No. 8, en este proyecto DGAPA-PAPIME (PE204921), han sido satisfactorias a pesar de los enormes problemas y obstáculos que se presentaron durante la pandemia por COVID-19. Todos los integrantes nos sentimos complacidos de la labor realizada, se cumplió con el objetivo central que se enfoca en la enseñanza y aprendizaje para el beneficio de las y los alumnos, tanto del bachillerato como de la licenciatura, en temas relacionados con los virus vistos desde un enfoque evolutivo. Es importante mencionar que algunas actividades se vieron ligeramente modificadas por la situación de la pandemia; sin embargo, los objetivos centrales del proyecto se cumplieron satisfactoriamente. Adicionalmente, además de cumplir con las metas propuestas para este proyecto, durante el primer periodo, el grupo de Origen de la Vida impartió un total de 47 conferencias de divulgación y 17 conferencias y seminarios de investigación relacionados con los virus. Durante el segundo periodo, los integrantes del proyecto impartieron 23 conferencias de divulgación y 23 conferencias y seminarios de investigación relacionados con estos agentes virales. | - |
| dcterms.educationLevel.SEP | Licenciatura | - |
| dcterms.callforproject | 2021 | - |
| dc.subject.DGAPA | Biología | - |
| dc.description.products | "Hardware.Un servidor equipado como repositorio de la plataforma: A partir del financiamiento otorgado para el proyecto DGAPA-PAPIME (PE204921), se compró un equipo de cómputo que cuenta con las siguientes características: 128 GB de RAM, un procesador AMD Ryzen 7 5800 8-core X16, una tarjeta de gráficos NVIDIA (GeForce RTX 2060) y un disco duro de 5TB. Los recursos del hardware y software del servidor están gestionados por la distribución Pop!_OS 22.04 LTS basada en el sistema operativo GNU/Linux. El objetivo fundamental del equipo de cómputo es funcionar como un servidor para: (1) almacenar la plataforma digital que contiene diversos materiales relacionados con el estudio de los virus, y (2) servir como un sitio para realizar trabajos de investigación en bioinformática sobre el origen y evolución temprana de los virus. Como se describe detalladamente en otros apartados, el equipo de cómputo funciona como un servidor web de la plataforma digital que almacena los materiales que se han producido a lo largo de este proyecto, incluyendo las infografías sobre los aspectos sociales, de salud y biológicos de los virus, las direcciones electrónicas de las videoconferencias en las que se ha abordado el tema de los virus desde la perspectiva biológica y social, el manual para la impresión de estructuras tridimensionales de las proteínas virales, y el catálogo de las estructuras terciarias de las proteínas virales. Asimismo, el servidor alberga las bases de datos de secuencias moleculares, algunas estructuras terciarias de las proteínas virales y diferentes programas bioinformáticos que han servido para realizar análisis evolutivos de los virus, lo que ha culminado con la publicación de artículos de investigación en revistas indizadas y dos capítulos de libro. Sin embargo, estamos a la espera de que se asigne una dirección IP fija al servidor Arquea para que cualquier estudiante o profesor que pertenezca a la Universidad Nacional Autónoma de México pueda acceder a todo el material descrito anteriormente. " | - |
| dc.description.products | "Plataforma digital.PUMAVIR: El objetivo central de este proyecto consistió en elaborar una plataforma virtual de aprendizaje que estuviera conformada por diversos materiales audiovisuales y escritos sobre uno de los temas que ha cobrado suma importancia en la biología, la medicina, la epidemiología y que ha tenido consecuencias complejas en la sociedad a nivel mundial, el tema al que hacemos referencia es el de los virus y su interacción con los hospederos. Los integrantes del Laboratorio de Origen de la Vida, junto con algunos profesores de la Escuela Nacional Preparatoria No. 8, han desarrollado un sitio web que aloja a la Plataforma Universitaria para el Aprendizaje de los Virus (PUMAVIR). Esta plataforma alberga (a) las infografías de las investigaciones que han desarrollado los estudiantes del bachillerato sobre los aspectos sociales, de salud y biológicos ligados a los virus, (b) las direcciones electrónicas de las videoconferencias en las que se ha abordado el tema de los virus vistos desde una perspectiva biológica, evolutiva y social, (c) el manual para la impresión de estructuras tridimensionales de las proteínas virales que contiene información de los repositorios de las estructuras terciarias de las proteínas, los programas para visualizar y analizar las estructuras desde un enfoque evolutivo, y la interfase entre los modelos computacionales y la impresión de las estructuras 3D de las proteínas virales, y (d) el catálogo de las estructuras terciarias de las proteínas virales que se han impreso y que se han utilizados como material didáctico para algunas clases a nivel bachillerato y licenciatura. " | - |
| dc.description.products | "Encuentro.Encuentro académico, a un año del inicio de la pandemia. Educación y sociedad: Tomando en consideración la importancia de la enseñanza y el aprendizaje de los alumnos de licenciatura y profesores e investigadores interesados en el tema de los virus, otra de las actividades que se desarrollaron, adicional a los dos encuentros PUMAVIR, fue la organización de la “Escuela de Virología: de lo molecular a lo social”, junto con el personal del Instituto de Química de la UNAM. El objetivo principal de este encuentro fue el de contribuir a la formación multidisciplinaria de investigadores y profesionales interesados en el desarrollo de estudios y estrategias contra infecciones virales. La escuela de virología se llevó a cabo del 26 al 29 de julio del 2021. Entre las conferencias que se impartieron en el encuentro académico estuvieron: (1) ¿Qué son los virus? por el Dr. Antonio Lazcano Araujo; (2) La evolución de los virus: bases moleculares por el Dr. José Alberto Campillo Balderas; (3) Las proteínas de los virus: La importancia de la estructura terciaria por el Dr. Rodrigo Jácome Ramírez; (4) Ciclos de replicación viral por la Dra. Susana López Charretón; (5) Métodos de detección de infecciones virales por el Dr. René Arredondo Hernández; (6) La respuesta del humano al virus COVID-19 por el Dr. Alejandro Hernández-Solís; (7) Estudios de las interacciones de compuestos antivirales con blancos moleculares por el Dr. Abraham Madariaga Mazón; (8) Posibles estrategias sintéticas para el desarrollo de compuestos antivirales por el Dr. Luís Demetrio Miranda Gutiérrez; (9) Estudio de la protección inducida por las vacunas por la Dra. Yolanda López Vidal; (10) Biotecnología y el desarrollo de vacunas contra COVID-19 por la Dra. Laura Palomares Aguilera; (11) Respuesta inmune y estrategias terapéuticas actuales contra la infección COVID-19 por la Dra. Edda Lydia Sciutto Conde; (12) Epidemiología y dinámica poblacional de SARS-CoV-2 por el Dr. Jorge X. Velasco Hernández." | - |
| dc.description.products | "Videoconferencia .Videoconferencias con especialistas: ""Uno de los principales objetivos en este proyecto se centra en la enseñanza y aprendizaje que beneficie al alumnado, tanto del bachillerato como de la licenciatura, en temas relacionados con los virus vistos desde un enfoque evolutivo y social. Por lo tanto, los integrantes del Laboratorio de Origen de la Vida, junto con el profesorado de la Escuela Nacional Preparatoria No. 8, organizaron dos encuentros académicos que permitieron que los alumnos y profesores presenciaran una serie de conferencias impartidas por especialistas en diferentes áreas de la virología. El 1er. Encuentro Universitario sobre Virus - Plataforma Universitaria para el Aprendizaje de los Virus (PUMAVIR) se realizó del 8 al 11 de noviembre del 2021, mientras que el 2o. Encuentro Universitario sobre Virus PUMAVIR se llevó a cabo del 7 al 9 de diciembre del 2022. En el primer encuentro se presentaron las siguientes conferencias: (1) COVID-19, situación actual y perspectivas por el Dr. Alejandro Macías; (2) Un análisis de las vacunas que llegaron a México por la Dra. Karla García Cruz; (3) Estudio pangenómico de los virus de DNA de cadena sencilla por el Biól. Abelardo Aguilar Camara; (4) ¿Qué podemos aprender de los virus? por la Dra. Susana López Charretón; (5) Conociendo a los Virus en 3D por el Mtro. David Cruz Sánchez; (6) Análisis evolutivo y estructural del dominio ExoN de los nidovirus por el alumno de licenciatura Adrián Cruz González; (7) El origen de los virus por el Dr. José Campillo Balderas; (8) La COVID-19 y el Estado de Derecho por el Dr. José Ramón Cossío. En el segundo encuentro se presentaron las ponencias: (1) Las secuelas de COVID-19. ¿cómo enfrentarlas? por la Dra. María Elena Medina Mora; (2) Virus y pandemias: ¿por qué cada vez más frecuentes? por la Dra. Susana López Charretón; (3) Virus globales y epidemiología actual por el Dr. Samuel Ponce de León Rosales; (4) Vigilancia genómica de SARS-CoV-2 en el país por la Dra. Blanca Taboada Ramírez. Adicionalmente, durante el primer año del proyecto el grupo de Origen de la Vida impartió un total de 47 conferencias de divulgación y 17 conferencias y seminarios de investigación relacionados con el tema de los virus. Las conferencias de divulgación fueron impartidas por el Dr. Lazcano (19), el Dr. Campillo-Balderas (15), el Dr. Jácome (6), y el Dr. Becerra (7), mientras que las conferencias y seminarios de investigación fueron impartidos por el Dr. Lazcano (5), el Dr. Campillo-Balderas (10), y el Dr. Jácome (2). Durante el segundo periodo, los integrantes del proyecto impartieron 23 conferencias relacionadas con la divulgación y 23 conferencias y seminarios de investigación relacionados con estos agentes virales. Las conferencias de divulgación fueron impartidas por el Dr. Lazcano (9), el Dr. Campillo-Balderas (12), y el Dr. Becerra (2), mientras que las conferencias y seminarios de investigación fueron impartidos por el Dr. Lazcano Araujo (11), el Dr. Campillo-Balderas (11), y el Dr. Jácome (1)."" " | - |
| dc.description.products | "Capítulo de libro .Publicaciones: ""- Capítulos de libro publicados en el segundo año del proyecto (2022): 1) Hernández-Morales R, Becerra A, Campillo-Balderas JA, Cotton-Salas W, Cruz-González A, Jácome R, Lazcano A, Muñoz-Velasco I, & Vázquez-Salazar A (2022) Chapter 4: Structural biology of the SARS-CoV-2 replisome: evolutionary and therapeutic implications. In Sergio Rosales-Mendoza, Mauricio Comas-García, and Omar González-Ortega (eds) Biomedical Innovations to Combat COVID-19 (Elsevier, New York). ISBN 9780323902489 / ISBNe 9780323902496 2) Campillo-Balderas JA (2023) La evolución de la zoonosis: la compleja interacción entre los virus, el humano y su ambiente. En Oyama K y García-Oliva F. Tomo 14 Covid y medio ambiente de la Colección La década COVID en México. Los desafíos de la pandemia desde las ciencias sociales y las humanidades. UNAM (en prensa)"" " | - |
| dc.description.products | "Artículo en revista científic. Publicaciones: ""Gracias al financiamiento otorgado para el proyecto DGAPA-PAPIME (PE204921), se pudieron desarrollar varios trabajos de investigación que fueron publicados en revistas indizadas. - Trabajos de investigación publicados en el primer año del proyecto (2021): 1) Lazcano A, & Peretó J (2021) Prokaryotic symbiotic consortia and the origin of nucleated cells: A critical review of Lynn Margulis hypothesis. Bio Systems, 204, 104408. https://doi.org/10.1016/j.biosystems.2021.104408 2) Cruz-González A, Muñoz-Velasco I, Cottom-Salas W, Becerra A, Campillo-Balderas JA, Hernández-Morales R, Vázquez-Salazar A, Jácome R, & Lazcano A (2021) Structural analysis of viral ExoN domains reveals polyphyletic hijacking events. PloS one, 16(3), e0246981. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0246981 - Trabajos de investigación publicados en el segundo año del proyecto (2022): 1) Becerra A, Muñoz-Velasco I, Aguilar-Cámara A, Cottom-Salas W, Cruz-González A, Vázquez-Salazar A, Hernández-Morales R, Jácome R, Campillo-Balderas JA, & Lazcano A (2022) Two short low complexity regions (LCRs) are hallmark sequences of the Delta SARS-CoV-2 variant spike protein. Scientific reports, 12(1), 936. https://doi.org/10.1038/s41598-022-04976-8 2) Jácome R, Campillo-Balderas JA, Becerra A, & Lazcano A (2022) Structural Analysis of Monomeric RNA-Dependent Polymerases Revisited. Journal of molecular evolution, 90(3-4), 283–295. https://doi.org/10.1007/s00239-022-10059-z 3) Madariaga-Mazón A, Naveja JJ, Becerra A, Alberto Campillo-Balderas J, Hernández-Morales R, Jácome R, Lazcano A, & Martinez-Mayorga K (2022) Subtle structural differences of nucleotide analogs may impact SARS-CoV-2 RNA-dependent RNA polymerase and exoribonuclease activity. Computational and structural biotechnology journal, 20, 5181–5192. https://doi.org/10.1016/j.csbj.2022.08.056 4) Campillo-Balderas JA, Lazcano A, Cottom-Salas W, Jácome R, & Becerra A (2023) Pangenomic analysis of Nucleo-Cytoplasmic Large DNA viruses. I: The phylogenetic distribution of conserved oxygen-dependent enzymes reveals a capture-gene process. Journal of Molecular Evolution (en prensa)"" " | - |
| dc.description.products | "Tutorial (manual, guía, etc.) .Guía PUMAVIR: Uno de los trabajos que se realizó en este proyecto DGAPA-PAPIME (PE204921) fue el de elaborar una guía para la impresión de estructuras tridimensionales de las proteínas virales PUMAVIR. El manual está dividido en secciones en las que se aborda: (1) la información general de la estructura y nivel de organización de las proteínas (estructura primaria, secundaria, terciaria y cuaternaria); (2) las técnicas utilizadas para generar la estructura terciaria de una proteína; (3) la información de los repositorios de las estructuras terciarias; (4) una explicación muy detallada de cómo hacer búsquedas de estructuras terciarias de proteínas en la base de datos Protein Data Bank (PDB); (5) una explicación minuciosa de la base de datos Virus Particle Explorer (VIPERdb); (6) los programas para visualizar y analizar las estructuras desde un enfoque evolutivo; (7) la interfase entre los modelos computacionales y la impresión de las estructuras 3D de las proteínas virales; (8) la impresión de objetos utilizando como material la resina y el filamento polimérico; (9) y los aprendizajes de la implementación de la impresión 3D en la enseñanza de la biología. Este manual fue aprobado por la Red Universitaria de Aprendizaje (RUA) como un recurso educativo digital de acceso libre y gratuito el cual estará alojado en el servidor Arquea, y podrá ser consultado por usuarios afiliados a la Universidad Nacional Autónoma de México mediante la elaboración de un documento en donde se justifique el uso del material que se encuentre en el servidor. " | - |
| dc.description.products | "Modelo educativo.Galería de modelos 3D: ""Como parte de la enseñanza y aprendizaje que beneficie al estudiantado en una mejor comprensión de los temas relacionados con los componentes moleculares de los virus, el Laboratorio de Origen de la Vida llevó a cabo la impresión de estructuras tridimensionales de diferentes virus y algunos de sus componentes moleculares. Los modelos tridimensionales impresos de las biomoléculas pueden ser un excelente recurso para el proceso de enseñanza-aprendizaje. En las ciencias biológicas es muy importante visualizar la estructura tridimensional de las diferentes moléculas que forman parte de los seres vivos y de otras entidades biológicas como, por ejemplo, los virus. El reconocer las partes estructurales y funcionales que son importantes en las biomoléculas ayudará a los estudiantes a tener una mejor comprensión de algunos conceptos que pueden resultar complejos y abstractos. Por lo tanto, una de las tareas que se llevó a cabo en este proyecto fue la de crear una galería de objetos tridimensionales de las biomoléculas virales. Algunas de estas moléculas impresas se pueden observar en el catálogo que elaboró el grupo de Origen de la Vida. En el catálogo se muestran algunos modelos tridimensionales impresos de los componentes proteínicos estructurales y no estructurales de los virus, algunos modelos de la estructura química del material genético y de las proteínas virales, y la representación tridimensional de algunos virus. Las estructuras tridimensionales se utilizaron como material didáctico para las clases de Biología que se imparten en la Escuela Nacional Preparatoria Plantel 8, y en las clases de Virología y de Origen de la Vida que se imparten en la Facultad de Ciencias, UNAM.""" | - |
| dc.description.products | "Hardware.Impresora 3D: ""Con el presupuesto otorgado al proyecto DGAPA-PAPIME (PE204921) se compraron dos impresoras que utilizan el diseño asistido por ordenador (CAD) para crear objetos 3D a partir de diferentes materiales. Uno de los equipos adquiridos fue una impresora Creality Ender 3 V2, la cual utiliza como material a un polímero filamentoso, mientras que el otro equipo fue una impresora Creality LD-006, que usa una resina para imprimir los objetos tridimensionalmente. Asimismo, se compraron los componentes necesarios para el funcionamiento y mantenimiento de este equipo tales como un kit de herramientas especiales Creality, un sensor de autonivelación Ender 3, carretes de filamento flexible, un extractor de vapores Sinowell, un ducto flexible y memoria USB de 64 GB. Los integrantes que forman parte del proyecto recibieron un curso y la capacitación técnica para poder utilizar el equipo de impresión y que éste funcione adecuadamente. Durante el segundo año del proyecto, y como parte del 2do Encuentro Universitario sobre Virus - Plataforma Universitaria para el Aprendizaje de los Virus (PUMAVIR), se llevó a cabo el Taller de Impresión de las Estructuras Tridimensionales de las Proteínas Virales para que el público interesado, estudiantado y profesores, aprendiera a desarrollar modelos tridimensionales, a utilizar el equipo de impresión y para que pudieran imprimir los objetos tridimensionales de diversas moléculas virales. Es importante mencionar que la creación tridimensional de moléculas biológicas ayuda a la enseñanza y aprendizaje que beneficiará al estudiantado a tener una mejor comprensión de los temas relacionados con los componentes moleculares de los virus. Por lo tanto, el Laboratorio de Origen de la Vida ha impreso diferentes componentes virales para utilizarlos en clases, tanto a nivel bachillerato como a nivel licenciatura, y generar una herramienta didáctica para abordar algunos aspectos relacionados con los temarios.""" | - |
| dc.description.objectivesAchieved | Los objetivos que se plantearon para este proyecto se cumplieron cabalmente. Gracias al financiamiento proporcionado para el proyecto DGAPA-PAPIME (PE204921), ya se cuenta con el equipo de cómputo. Entre los equipos adquiridos se incluye un servidor Linux de la plataforma digital en la que se han almacenado diversos materiales relacionados con el estudio de los virus. El servidor, al que se le ha asignado el nombre de Arquea, alberga las bases de datos de secuencias moleculares y diferentes programas bioinformáticos que han servido para realizar análisis evolutivos enfocados en virus. Por ejemplo, con esta colección de información electrónica se han realizado estudios del sesgo composicional de las secuencias de las proteínas del virus SARS-CoV-2, dando como resultado una publicación en una revista indizada. Asimismo, en estos momentos se están realizando trabajos relacionados con la pangenómica de algunos virus cuyo material genético está compuesto por DNA, así como el estudio evolutivo de algunas proteínas virales (p.ej. las helicasas y metiltransferasas). Además, el servidor funciona como un sitio web en el que se puede consultar el material que se ha desarrollado en este proyecto. Sin embargo, estamos en espera de que nos asignen una dirección IP fija para que cualquier estudiante o profesor que pertenezca a la Universidad Nacional Autónoma de México pueda acceder al material elaborado, el cual incluye: (1) infografías de las investigaciones que ha desarrollado el estudiantado del bachillerato sobre los aspectos sociales, de salud y biológicos de los virus, (2) las direcciones electrónicas de las videoconferencias en las que se abordó el tema de los virus desde la perspectiva biológica y social, (3) el manual para la impresión de estructuras tridimensionales de las proteínas virales que contiene información de los repositorios de las estructuras terciarias de las proteínas virales, los programas para visualizar y analizar las estructuras desde un enfoque evolutivo, y la interfase entre los modelos computacionales y la impresión de las estructuras 3D de las proteínas virales a partir del Aprendizaje Basado en Proyectos (ABP), (4) el catálogo de las estructuras terciarias de las proteínas virales que se han impreso, el cual contiene información breve de cada estructura biológica. Una parte importante del material alojado en el servidor Arquea ha sido producto de la interacción y colaboración entre el profesorado del Laboratorio de Origen de la Vida de la Facultad de Ciencias y el de la Escuela Nacional Preparatoria Plantel 8, Miguel E. Schulz; además de la participación de alumnas y alumnos de licenciatura y bachillerato en las diferentes actividades que se han desarrollado a lo largo del proyecto. | - |
| dc.description.outcomes | La plataforma PUMAVIR tiene como esencia crear un vínculo entre el nivel medio-superior y superior, en particular, entre la ENP plantel 8 y la Facultad de Ciencias de la UNAM. Este enlace entre las dos instituciones, logrado y reportado, tiene dos ejes principales: la divulgación del conocimiento científico en ambos niveles académicos y la propuesta de estrategias de enseñanza con los exitosos métodos de Aprendizajes Basados en Proyectos. La parte de divulgación consistió en dos encuentros PUMAVIR en donde se invitaron a grandes personalidades con amplia experiencia en el campo de los virus y su impacto en la sociedad, teniendo un alcance que va más allá de las 4,900 visualizaciones en la plataforma de YouTube. Ambos encuentros contaron con material original creado por estudiantes tanto de la Facultad de Ciencias como de varios planteles de la ENP, incluyendo infografías, carteles y conferencias de estudiantes de posgrado. El manual de impresión de estructuras 3D facilitó el uso de la tecnología de impresión 3D para superar las limitaciones de la enseñanza mediante esquemas de dos dimensiones, y se propuso a la impresión 3D como un método de aprendizaje situado a partir del aprendizaje basado en un proyecto mediante el uso de TIC y TAC. Se espera que el estudiantado logre encuadrar una estructural viral como parte de un modelo de estudio para comprender, aplicar o analizar los contenidos de materias relacionadas con la Biología. Este material está estructurado en dos partes: (1) el manual de cómo descargar, modelar e imprimir estructuras tridimensionales virales, y (2) un ejemplo de una secuencia didáctica de un proyecto con tres etapas, actividades iniciales, de desarrollo y de cierre en donde se propone desarrollar competencias como la investigación, habilidades de lectura de literatura científica en inglés y la exploración de bases de datos. Este manual estará a disposición de la comunidad universitaria mediante la RUA próximamente. | - |
| Aparece en las colecciones: | 2. Área de las Ciencias Biológicas, Químicas y de la Salud | |
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