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Título : Métodos Cuantitativos Computarizados para Biología Pesquera
Autor : SALGADO UGARTE, ISAIAS HAZARMABETH
Fecha de publicación : 2017
Resumen : El presente proyecto "Métodos Cuantitativos Computarizados para Biología Pesquera" tiene como objetivo final la publicación de una obra (impresa y en línea) sobre procedimientos cuantitativos fundamentales para el adecuado manejo de la información recopilada durante investigaciones de aspectos biológico-pesqueros. Lo anterior es de suma importancia si consideramos que el manejo sustentable de los recursos acuáticos de nuestro país es una meta que debe alcanzarse para nuestra supervivencia confortable a largo plazo. Asimismo cabe señalar que esta obra surge como material necesario de los cursos (asignaturas) sobre el tema impartidos por el responsable a lo largo de los últimos años (Ecología Cuantitativa, Biología Pesquera, Reproducción de Peces, Biometría, Dinámica de Poblaciones y Comunidades, Estadística Multivariada, Laboratorios de Investigación Formativa VII y VIII) en la Carrera de Biología que se imparte en la FES Zaragoza así como para los estudiantes de posgrado de los Programas de Posgrado en Ciencias Biológicas y de Ciencias del Mar y Limnología. Se pretende que en esta obra se incluyan métodos importantes que actualmente se encuentran en publicaciones variadas (artículos y libros) y por lo general en el idioma inglés. En la obra se incluirá el uso de programas originales desarrollados en proyectos anteriores (EDK2000; AED2010) y otros que trabajan con programas especializados (Stata, Minitab y R). Los aspectos presentados son temas básicos en los estudios de Biología Pesquera y van desde: - conceptos básicos de Alometría (relaciones morfométricas lineales y volumétricas) , - análisis de frecuencia de tallas (métodos tradicionales como histogramas y polígonos de frecuencia y los más avanzados como los estimadores de densidad por kernel); métodos de cómputo intensivo (validación cruzada y bootstrap) para elección de banda; caracterización de componentes gaussianos en distribuciones multimodales mezcladas; comparación de distribuciones - estimación de la edad por medio del análisis de estructuras duras especificando la obtención, preparación, observación (lectura), validación (borde e incremento marginal), relación alométrica entre el tamaño del cuerpo con la estructura para la interconversión de estas medidas (retrocálculo). - modelación matemática estadística del patrón de crecimiento para lo cual se revisarán los métodos tradicionales basados en la linealización de funciones de crecimiento, los metodos iterativos de ajuste no lineal, el empleo de la máxima verosimilitud, así como el ajuste de funciones de crecimiento con funciones sinusoidales incluidas para describir variaciones estacionales. - comparación de funciones de crecimiento por medio de métodos multivariados, de razón de verosimilitud, pruebas de F y generalizadas - uso de índices morfofisiológicos (gonadosomático, hepatosomático, factor de condición) así como el uso de un método estadístico más completo: análisis multivariado de covarianza para la descripción del ciclo biológico de las especies. - uso de métodos de análisis histológico para la observación microscópica de las estructuras reproductivas y así relacionarlas con los índices morfofisiológicos. - representación de la información en el espacio y en el tiempo por medio de gráficos especializados. Un índice preliminar de la obra propuesta se incluye a continuación: I. Toma y organización de datos II. Uso de software especializado EDK2000* AED2010* Programas para Software especializado (Stata, Minitab*, R*) III. Alometría* Relaciones en dimensiones lineales Relaciones en dimensiones mixtas Relaciones en dimensiones de volumen IV. Análisis de frecuencia de tallas Histogramas Polígonos de frecuencia Estimadores de densidad por kernel Bootstrap y Validación Cruzada* Determinación de componentes en distribuciones multimodales (Bhattacharya) Comparación de distribuciones (Kolmogorov-Smirnof)* V. Estimación de edad (Análisis de estructuras duras)* Lectura Validación Tipo de borde Análisis del incremento marginal Relación cuerpo-estructura* Retrocálculo* VI. Modelación del crecimiento Lineales (Ford-Walford, Gulland, Beverton y Holt) No lineales (regresión no lineal simple y ponderada) Ajuste por máxima verosimilitud* Estacional (inclusión de funciones sinusoidales)* VII. Comparación de funciones de crecimiento Multivariada (T2 de Hotelling) Razón de verosimilitud (Kimura, 1980) Prueba F (Roff, 2006)* Prueba generalizada (Chen, 1992)* VIII. Indices morfofisiológicos IGS IHS FC AMCV IX. Histología de estructuras reproductivas* X. Bases para estadística espacial* Apéndices Bibliografía Índice Los apartados señalados con asterisco son aspectos que no se han abordado de manera integrada en nuestras obras anteriores sobre métodos de Biología Pesquera. Como ya se ha hecho en obras anteriores, se incluirán en esta, tutorales para los programas originales así como el listado de los comandos utilizados para los análisis (numérico y gráfico) de cada capítulo.
URI : http://132.248.161.133:8080/jspui/handle/123456789/7109
metadata.dc.contributor.responsible: SALGADO UGARTE, ISAIAS HAZARMABETH
metadata.dc.coverage.temporal: 2017-2019
metadata.dc.description.objective: Objetivo General Presentar la aplicación práctica de métodos cuantitativos de alto nivel (incluyendo el manejo eficiente de software especializado, EDK2000, AED2010, Stata, Minitab, R) a datos provenientes de las investigaciones biológico-pesqueras efectuadas Laboratorios de Biología Pesquera para su correcta interpretación y encaminada a un manejo sustentable de los recursos. Objetivos particulares Ajustar e interpretar los coeficientes en las relaciones alométricas de los organismos Aplicar los métodos más sofisticados para el análisis de la distribución de tallas por medio de estimadores de densidad sugeridos por métodos de cómputo intensivo (bootstrap y validación cruzada) Revisar los procedimientos para el proceso y lectura de estructuras duras de organismos acuáticos validando la periodicidad en la formación de las marcas de crecimiento. Modelar el crecimiento por medio de funciones asintóticas ajustadas por transformaciones lineales, por regresión no lineal y por máxima verosimilitud. Aplicar pruebas estadísticas para comparar funciones de crecimiento: multiariada, razón de verosimilitud, F de Roff y de Chen generalizada. Calcular valores indicadores del estado (reproductivo, condición) de los organismos. Realizar la preparación histológica de estructuras reproductivas para el análisis microscópico del ciclo reproductivo. Relacionar los índices morfofisiológicos con el estado microscópico de los órganos reproductivos. Dibujar mapas con la información recabada en las investigaciones representada de formas idóneas.
metadata.dc.description.hypothesis: Como obras anteriores, la presente propuesta tiene como lineamientos generales continuar con la visión y misión de la Linea de Investigación sobre Biometría y Biología Pesquera a la cual pertenecemos los participantes de esta propuesta. La obra propuesta pretende contribuir a la formación académica de profesionistas, especialistas y científicos relacionados con la Biología Pesquera con nivel de excelencia académica para aplicar, desarrollar y difundir los procedimientos cuantitativos incluidos que coadyuven a la realización de propuestas de soluciones viables a problemas bio-ecológicos incluyendo a las poblaciones humanas. Es un lineamiento fundamental de nuestra Línea de Biometría y Biología Pesquera el usar adecuadamente los procedimientos matemáticos estadísticos para proponer alternativas de uso de recursos que permitan una convivencia armónica entre humanos y los demás componentes (bióticos y abióticos) de los ecositemas de México, para alcanzar formas de aprovechamiento sostenibles. De nueva cuenta con esta propuesta se pretende contribuir al crecimiento de las ciencias biológicas y en particular los aspectos relacionados con los organismos que potencial o de hecho son explotados por medio del uso correcto de procedimientos cuantitativos (matemáticos y estadísticos) que sirvan como base para el desarrollo de teorías cuantitativas para entender a los fenómenos biológicos y fomentar el aprovechamiento sustentable de los recursos vivos. Es nuestra intención y afirmación a priori que el uso de los materiales presentados en esta obra elevarán el nivel académico de estudiantes y académicos que lo usen para el estudio de aspectos biológicos y ecológicos de especies de importancia pesquera y con esto se favorezca la consecución de un aprovechamiento a largo plazo de los recursos pesqueros.
metadata.dc.description.strategies: Como en proyectos PAPIME anteriores, esta propuesta tiene un enfoque en la enseñanza teórico-práctica de métodos fundamentales en el análisis de datos sobre la biología de los organismos de importancia pesquera con el auxilio de computadoras y rutinas computarizadas especializadas. Todos los temas incluidos se presentarán en conjunto con el uso de la computadora y los programas con las rutinas o comandos involucrados en el cálculo de los valores requeridos. Por tanto, el uso de las computadoras es OBLIGATORIO, sobre todo en los métodos de cálculo iterativo (regresión no lineal) o de cómputo intensivo (estimadores de densidad por kernel, validación cruzada o muestreo con repetición "Bootstrap"). Todos los capítulos incluirán un apéndice con el listado detallado de los pasos para llevar a cabo los cuadros o gráficos incluidos. Para probar la presentación de los temas se plantea la realización de cursos dirigidos a estudiantes y profesionales del área con el empleo indispensable de computadoras para probar comandos y rutinas. Para integrar la información a incluir se llevará a cabo revisión adicional de literatura especializada. Es pertinente aclarar que los temas incluidos provienen en gran parte de la experiencia del responsable en la enseñanza a estudiantes, académicos y profesionistas de los temas incluidos. En la actualidad la disponibilidad de computadoras económicas y potentes hacen posible el aplicar métodos de cómputo intensivo que anteriormente no eran prácticos. Consideramos que hace falta un texto que explique de manera práctica temas como la estimación no paramétrica de la densidad, la validación cruzada, el Bootstrap, entre otros, aplicados en el análisis de datos necesarios para la comprensión de las poblaciones explotadas por la pesca. Por la cantidad de información y las etapas planteadas se hizo necesario hacer la propuesta a tres años. Los procedimientos computarizados se escribirán en lenguages de cómputo de alto nivel comerciales o gratuitos (Visual Basic, Stata, R). Las versiones preliminares (texto y programas) serán sometidas a prueba en los cursos propuestos. Se recabarán opiniones, sugerencias y reportes de errores para su ajuste y corrección para su posterior sometimiento para su publicación. Las versiones corregidas de acuerdo a las sugerencias de los revisores, se integrará la versión final del libro y rutinas para su publicación. Debido a diversas problemáticas con las versiones impresas en papel (falta de distribución y difusión en librerías UNAM o particulares) se propone la publicación en formato digital para esta obra.
metadata.dc.description.goals: Año 1: - Escritura de los capítulos de la primera mitad del libro - Impartición de cursos a estudiantes de licenciatura y posgrado así como a profesionales involucrados con el análisis de datos biológico-pesqeros utilizando los materiales generados - Integración de las rutinas computarizadas correspondientes - Finalización de un trabajo de tesis de licenciatura Año 2: - Escritura de los capítulos de la segunda mitad del libro - Impartición de cursos a estudiantes de licenciatura y posgrado así como a profesionales involucrados con el análisis de datos biológico-pesqeros utilizando los materiales generados - Integración de las rutinas computarizadas correspondientes - Finalización de un trabajo de tesis de maestría Año 3: - Revisión y sometimiento de la obra a revisión a traves de la Comisión Editorial del Comité de Carrera de Biología - Integración final de las rutinas del libro - Publicación de un artículo en revista especializada internacional indizada con factor de impacto - Revisión y ajuste según recomendaciones de revisores - Publicación digital de la obra - Escritura de un trabajo de tesis
metadata.dc.description.selfAssessment: Las metas propuestas fueron logradas en su totalidad y a veces superadas: Año 1.- 5 cursos de licenciatura; 2 tesis Licenciatura y 2 tesis Maestría. Año 2.- 7 cursos de licenciatura; 2 tesis licenciatura (becarios) ; becarios con terminación satisfactoria de semestres. -obtención del grado de Doctora en Ciencias Biológicas de participante académica, Saito-Quezada Verónica Mitsui. Año 3.- integración de los últimos capítulos del libro y de rutinas computarizadas (hojas de cálculo, lenguaje de Stata y de R); se publicó un capítulo de libro internacional con ISBN: 978-1-78984-179-4; "Theriogenology", INTECHOPEN, Londres, R.U., y tres trabajos en extenso en libro nacional con ISBN: ISBN 978-607-95228-9-6, "Desarrollo Científico en México". CIO, A.C. Se publicaron artículos en revistas con factor de impacto: - López-Vila, J.M., J.J. Schmitter-Soto, E. Velázquez-Velázquez, E. Barba-Macías & I.H. Salgado-Ugarte. 2019. Young does not mean unstable: a trophic model for an estuarine lagoon system in the Southern Mexican Pacific. Hydrobiologia. The International Journal of Aquatic Sciences, 827(1): 225-246. - Fierro-Estrada, N., Y.G. González-González, D.B. Miles, M. Martínez-Gómez, A. García, I.H. Salgado-Ugarte y F.R. Méndez de la Cruz. 2019. Thermoregulation of the lizard Barisia imbricata at altitudinal extremes. Amphibia-Reptilia DOI:10.1163/15685381-20191155. - Arroyo-Pérez, E., C.L. Jiménez-Sierra, J.A. Zavala-Hurtado, J. Flores-Rivas e I.H. Salgado-Ugarte, 2019. Phenology, floral synchrony and reproductive success of Neolloydia conoidea (Cactaceae). Botanical Sciences 97(4): 579-587 Se publicó artículo en revista nacional indizada: - Tenorio-Mendoza R., M. Martínez-Coronel, G. López-Ortega e I.H. Salgado-Ugarte. 2019. Riqueza herpetológica de la cuenca hidrográfica del Río Necaxa, Puebla, México. Areas Naturales Protegidas Scripta, 5(1): 1-18. Todos los trabajos publicados presentan procedimientos y métodos incluidos en la obra del presente proyecto. No obstante, los capítulos del libro "Métodos Cuantitativos Computarizados Para Análisis de Datos Biológicos" se fueron afinando y se sometieron al final del año, por lo que su publicación aún está en trámite. Lo anterior debido a que durante la última parte de la admón. se me asignó un espacio de cambio insuficiente. Se ofreció otro alternativo que fue remozado superficialmente que tampoco cumplió con los requerimientos para establecer el Laboratorio de Biometría y Biología Pesquera (LBBP) a mi responsabilidad. Al entrar la nueva administración, a la fecha, el estatus de mi espacio aún no se ha resuelto. El resultado neto es que el material del LBBP ha quedado esparcido en tres lugares diferentes producto de eventos de mudanza parciales e incompletos. No obstante, fue posible integrar los últimos capítulos del libro en proceso de revisión. Se espera llevar a cabo su publicación antes de marzo. Por tanto consideramos un avance significativo y se publicará antes de marzo.
metadata.dc.description.goalsAchieved: Año 1: - Se escribieron los primeros capítulos del libro - Se impartieron cursos a estudiantes de licenciatura (no.): febrero a junio 2017 - Ecología Cuantitativa, (12) - Estadística Multivariada, (30) De agosto a enero 2018: - Biometría, (58) - Ecología Cuantitativa, (14) - Estadística Multivariada, (25) - Se integraron varios procedimientos en lenguajes de los paquetes R y Stata - Stata: potfun.ado: regresión no lineal potencial; bandw.ado, warpdenm.ado - R: bandw.R, boxdetra 1.0.R, cosdetra 1.0.R, kernsim 1.0.$, kerngaus 1.1.R, kerngaus 1.1.R, kernsim 1.0.R, - Se titularon dos becarios: - Julio César Haro Capetillo: Ciclo reproductivo y dimorfismo sexual del gasterópodo ... (16-V-2017) - Joana Sthefani Salinas Moreno: Aspectos biológicos de Mulloidichthys dentatus ... (23-V-2017). - Se titularon dos alumnos de Maestría (la segunda, participante registrada del proyecto): - Candelario Jiménez Olivares: Aspectos poblacionales y alimentación del cangrejo Callinectes sapidus ... (26-V-2017) - Iztzel Pérez Olivares: Estimación de la edad y modelación del crecimiento de Lutjanus inermis ... (4-XII-2017) Año 2: - Escritura y reestructuración de los capítulos de la segunda mitad del libro. - Impartición de cursos de licenciatura: - Laboratorio de Investigación Formativa VII y VIII: Enero – junio de 2018 (8) - Estadística Multivariada: Enero – junio de 2018 (25) - Ecología Cuantitativa: Enero – junio de 2018 (15) - Laboratorio de Investigación Formativa VII y VIII: Agosto 2018 – enero 2019 (12) - Ecología Cuantitativa: Agosto 2018 – enero 2019, (24) - Se continuó con la escritura de rutinas computarizadas - Se titularon dos alumnos de licenciatura: - Eduardo Palma Barrón (becario); Estimación de la edad y modelación del crecimiento de Lutjanus inermis ... 3/4/2018 - Hilda Rangel Rocha (becaria); Estimación de la edad y modelación del crecimiento por lectura de opérculos de Vasula speciosa ... 5/6/2018 - Obtención de grado de Doctora en Ciencias: Verónica Mitsui Saito Quezada (Participante académica), Aspectos biológico-pesqueros de los gasterópodos Hexaplex princeps (Broderip, 1833) y Opeatostoma pseudodon ... 3/8/2018 Año 3: 2019 - Se integraron los últimos capítulos del libro - Se integraron las últimas rutinas computarizadas - Se publicó un capítulo de libro internacional con ISBN: 978-1-78984-179-4. Saito-Quezada, V.M. ... I.H. Salgado-Ugarte. 2019. Reproductive cycle of Hexaplex princeps (Broderip, 1833). Intechopen: DOI:http://dx.doi.org/10.5772/intechopen.88074 - Se publicaron tres trabajos en extenso (geomorfologia madreperla, otolitos de peces y morfometria de erizos marinos) en libro nacional: ISBN 978-607-95228-9-6. Desarrollo Científico en México. CIO, A.C. 2019. - Texto del libro en revisión - Publicación en trámite - Obtención del Grado de Doctor de López Vila Jesús Manuel: Evaluación del flujo energético y de la estructura trófica ... 30/10/2019 bajo cotutoría de Dr. Isaías H. Salgado-Ugarte (UNAM)
metadata.dcterms.provenance: F.E.S. Zaragoza
metadata.dc.subject.DGAPA: Limnología, ciencias del mar y pesquería
metadata.dc.type: Proyecto PAPIME
Aparece en las colecciones: 2. Área de las Ciencias Biológicas, Químicas y de la Salud

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